さて、いよいよATP合成酵素にかかろう。これは葉緑体にもミトコンドリアにもあるが、同じものだろうか。
引用：http://www.jbsoc.or.jp/seika/wp-content/uploads/2013/05/81-11-02.pdf
ATP 合成酵素の活性調節におけるサブユニットの役割 山田康之
呼吸や光合成で得られたΔμ〜H＋をエネルギー源としてATP 合成を行っているのが，FoF１-ATP 合成酵素である．
FoF１-ATP 合成酵素は，Δμ〜H＋によって駆動されるH＋の移動と共役して，ADP と無機リン酸からATP を合成しており（H＋の代わりにNa＋を用いるものもある．），真核細胞のミトコンドリア内膜，葉緑体のチラコイド膜，細菌の形質膜などに広く普遍的に存在している．
植物では夜の間は光化学系を動かせないので，ATP 合成を行うことができない．このときにATP 合成酵素が逆反応によってATP を加水分解してしまうのを防ぐ仕組みがある．光化学系からの還元力の供給が無くなり，葉緑体内が酸化的になると，ATP 合成酵素のサブユニット上にある二つのシステイン残基が分子内ジスルフィド結合を形成し，その活性が低くなる（図２（a））１９）．
同様にミトコンドリアでも，酸素の供給が無く酸化的リン酸化が行えない時に，ATP 合成酵素を止める仕組みが存在する．ミトコンドリアのATP 合成酵素には，その活性を阻害するATPase インヒビターというタンパク質があり，pH 依存的にATP 合成酵素と複合体を形成し，活性調節をしている.
葉緑体とミトコンドリアにあるATP合成酵素は同じものであるようだ。詳しく見てみる。
引用：PDBj
引用：PDBj
酵母のATP合成酵素、ななめ上から見たところ。
